Muzeum założone zostało w 1946 roku. Jest jednym z najstarszych muzeów na terenie Warmii i Mazur. Ze względu na charakter posiadanych zbiorów oraz pełnioną w regionie funkcję, placówka zawsze miała charakter muzeum regionalnego. Od wielu lat muzeum gromadzi zbiory związane z dziejami regionu, organizuje wystawy i we współpracy ze szkołami prowadzi edukację regionalną. Realizowane są tu także programy badawcze i edukacyjne finansowane z funduszy przeznaczonych przez Ministerstwa i Agendy rządowe. Muzeum jest także organizatorem Jarmarku Średniowiecznego świętego Jakuba, który odbywa się co roku 25 lipca.
W zbiorach muzealnych znajdują się między innymi interesująca kolekcja późnogotyckich rzeźb z początku XVI wieku, obrazy, portrety, rzemiosło artystyczne i meble z XVII - XIX wieku. Pochodząca z Kętrzyna rzeźba świętego Jakuba Starszego z około 1515 roku, zaliczana jest do grupy najpiękniejszych rzeźb późnogotyckich z państwa Zakonu Krzyżackiego. Godny uwagi jest także zbiór epitafiów i chorągwi pogrzebowych z jedyną w Europie dziecięcą chorągwią pogrzebową trzyletniego Potho zu Eulenburg (1664) i blaszaną chorągwią Frydryk Von der Gröbena (1712), walczącego u boku polskiego króla Jana III Sobieskiego w bitwie pod Wiedniem w 1683 roku.
Wyjątkowo bogaty jest także zbiór skrzyń posagowych z XVII - XIX wieku. Odrestaurowano ostatnio bogato rzeźbioną skrzynię z początku XVII wieku z herbami rodzin von Rautter i zu Dohna z pałacu w Drogoszach. Należy ona do najstarszych tego typu zabytków z dawnych Prus Książęcych. Najciekawszym nowym nabytkiem muzeum jest pruska kultowa rzeźba kamienna z X - XI wieku, znaleziona w 2007 roku, w czasie badań grodziska w okolicach Kętrzyna. Jest to jedyna jak dotychczas wczesnośredniowieczna rzeźba „baby” z terenu Prus odnaleziona w trakcie badań archeologicznych.
W bibliotece muzealnej i archiwum znajduje się bogaty księgozbiór o tematyce religijnej i zbiór dokumentów z dawnego archiwum miejskiego.
Muzeum mieści się w zamku krzyżackim przy placu Zamkowym 1
Cena biletu normalnego wynosi 5 złotych.

0,9 km - Kętrzyn / klasztory, kościoły - Katolicki kościół parafialny św. Jerzego w Ketrzynie
0,9 km - Kętrzyn / Zamki, ruiny - Zamek Krzyżacki w Kętrzynie
0,9 km - Kętrzyn / Zabudowa miejska - Ratusz Miejski w Kętrzynie
0,9 km - Kętrzyn / klasztory, kościoły - Kościół św. Jana w Kętrzynie
4 km - Wopławki / Rekonstrukcje bitew - Inscenizacja bitwy pod Wopławkami
5 km - Borki / Pałace, dwory - Dwór w Borkach
5 km - Ketrzyn,Wilamowo / Ciekawostki myśli technicznej - Lotnisko w Wilamowie
10 km - Owczarnia / muzea, skanseny - Muzeum mazurskich tradycji w Owczarni
10 km - Nakomiady / Pałace, dwory - Pałac w Nakomiadach
12 km - Gierłoż / Fortyfikacje i umocnienia - Gierłoż - Wilczy Szaniec
12 km - Gierłoż / Hotele - Księżcowy Dworek
20 km - Młynowo 36 / Agroturystyka - Pod szczęśliwą podkową
21 km - Rybical 40 / Pensjonaty - Pensjonat Sarmacja***
22 km - Doba / Agroturystyka - Domek nad j.Dobskie
22 km - Ryn / Domki letniskowe - Domek letniskowy
22 km - Mrągowo / Hotele - Hotel*** Anek
22 km - Mrągowo / Kwatery prywatne - MRAGOWO - mieszkanie wśród jezior
24 km - Dziewiszewo / Pensjonaty - DZIWISZEWO
24 km - Kosewo / Pensjonaty - Pensjonat Hubertus
24 km - Kosewo / Kwatery prywatne - Gościniec LECH
